La chiesa di Nostra Signora della Consolazione e San Vincenzo martire deve la sua origine all’insediamento nel capoluogo ligure, nel 1473, di una congregazione riformata all’interno dell’Ordine Agostiniano, la Congregazione della Consolazione, detta poi di Genova, sede del superiore, il beato Giovan Battista Poggi.
Divenne subito centro di spiritualità e cultura su esempio del convento di Santo Spirito a Firenze, culla del Rinascimento italiano. La Consolazione dell’epoca era localizzata sul Colle d’Artoria (a settentrione dell’attuale corso monte Grappa), posizione giudicata troppo pericolosamente vicina alle nuove mura e perciò abbattuta nel dicembre del 1681. Fu allora che gli Agostiniani acquistarono lungo la strada per Albaro (poi strada della Consolazione, oggi Via Venti Settembre) il palazzo, la casa ed il terreno di Francesco Pinelli.
Nel 1684 Monsignor Giulio Vincenzo Gentile posò la prima pietra della nuova chiesa che, aperta al culto nel 1693, ha raccolto diverse opere provenienti dall’antica sede, integrate successivamente con oggetti di altre chiese genovesi.

I religiosi, in ossequio alla loro spiritualità, preferirono dedicare la maggior parte delle risorse disponibili anziché all’abbellimento della chiesa, all’edificazione di un convento che potesse fungere da centro irradiatore di cultura e vita cristiana, dotato di tutti gli accorgimenti più moderni per l’epoca. Sviluppato su un’area di 10.000 metri quadrati si elevò su quattro piani, di cui l’ultimo quasi interamente occupato dalla biblioteca, andata dispersa in seguito all’esproprio ottocentesco del convento, destinato ad ospitare sedi di partiti, uffici pubblici e il mercato Orientale nel chiostro.
In seguito alla soppressione napoleonica degli ordini monastici del 1810 alla chiesa si sono aggiunte funzioni parrocchiali trasferite dalla vicina San Vincenzo divenuta prima caserma e poi “Circolo Ufficiali del Presidio Militare”.
In questa occasione il titolo della chiesa divenne “Nostra Signora della Consolazione e San Vincenzo martire”.